منذ الساعات الأولى في السلطة، بدت نيات الجماعة للصدام مع مؤسسات الدولة، إذ رفض محمد مرسي أن يقسم اليمين الدستورية أمام المحكمة الدستورية العليا، ليكون أول قراراته بوصفه رئيسًا للبلاد "مخالفة الدستور".

وقال المستشار ماهر سامي، نائب رئيس المحكمة الدستورية العليا الأسبق والمتحدث الرسمي للمحكمة سابقًا، خلال الفيلم الوثائقي "30 يونيو.. ثورة إنقاذ مصر"، إن رفض  محمد مرسي  أداء اليمين الدستورية أمام المحكمو الدستورية العليا كان على سبيل الاستعلاء، وتقليل شأن المحكمة، وأخطر المشير طنطاوي رئيس المجلس العسكري، أن محمد مرسي يرفض الذهاب إلى المحكمة الدستورية لأداء اليمين الدستورية في مقرها. 

وفقًا لحكم الدستور، أعد قضاة المحكمة الدستورية بيان لتسجيل هذا الموقف، فطلب إمهاله فترة من الوقت قبل أن ينتقل إلى المحكمة الدستورية، لأداء اليمين صاغرًا ذاعنًا.

وقال المستشار ماهر سامي "في البيان الذي لم يصدر بعد تراجع مرسي، كتبنا "كنا نريد أن نحمي شرعيته وأن تظل بمنأى عن أي مطعن أو عوار، كنا نحمي نظام الحكم في مصر".